Часто к мутациям в новые, чрезвычайно опасные для человека формы, вирусов подталкивают миграционные процессы, в том числе пассивные. Так, появление возбудителя омкской геморрагической лихорадки связано с завозом в Сибирь из Канады ондатры, произошедшее уже в 20 веке. В результате произошла мутация вируса клещевого энцефалита в процессе адаптации к новому природному резервуару, и возник быстро распространившийся возбудитель с интродуцированным экзотическим природным резервуаром и специфическим симптомокомплексом.

Относительно самого известного из "новых" заболеваний - вируса иммуноцефицита человека - существует несколько гипотез его происхождения. ВИЧ-1 эпидемически связан с регионами Африки, где широко представлены близкородственные лентивирусы приматов - вирусы иммунодефицита обезьян. Несомненное сходство геномов вируса иммунодефицита обезьян, полученного от шимпанзе, и ВИЧ-1 дает основания предполагать, что передача вируса человеку от этих животных произошла относительно недавно. Полагают, что в первой половине 20 века имели место, по крайней мере, три независимых заноса этого вируса от шимпанзе в человеческую популяцию на территории Демократической Республики Конго. К сожалению, этой гипотезе противоречит тот факт, что естественная невосприимчивость к ВИЧ за счет распространения мутантного аллеля CCR5D32 чаще встречается среди европеоидов и практически отсутствует у негроидов.

Ситуация с другим вирусом иммунодефицита человека - ВИЧ-2 - более определена. Природный резервуар этого вируса - африканские дымчатые мангобеи, от которых вирус уже несколько раз попадал к людям.

Сильным стимулятором формирования новых возбудителей выступает и плановая иммунопрофилактика. В результате иммунологического процесса, вызываемого массовой вакцинацией, происходят антигенные изменения в популяции возбудителя, и преимущественное распространение приобретают штаммы, не входящие в состав вакцин. Так, например, в 1990-е гг. на фоне систематической вакцинации детей препаратом АКДС стали регистрироваться подъемы заболеваемости коклюшем в Европе и США. Исследование циркулирующих штаммов выявило существенное изменение характеристик выделяемых от больных штаммов по сравнению с допрививочным периодом.

Большие изменения произошли в свойствах возбудителя коклюша и в России. На смену "дикому" штамму серотипа 1.2.3, который широко циркулировал в довакционный период, пришел штамм серотинпа 1.0.3, преобладающая циркуляция которого вызвала рост заболеваемости, т.к. этот вариант отсутствовал в составе отечественной вакцины, состоявшей из серотипа 1.2.3.